Riigikontrolli audit näitas, et ei Transpordiamet ise ega valdkonda juhtiv Kliimaministeerium pole uue ameti loomise õppetundide ja tulemuste vastu huvi tundnud ning transpordi ja liikuvuse valdkonna juhtimine on jätkuvalt killustunud. Samuti on ametil endiselt palju büroopindu, mida tuleks vähendada.